Brak informacji o poprzedniej stronie.
Zastosowanie genomiki w badaniach medycznych
Sylabus zajęć
Okres
Semestr 2
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
3.0
|
Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
Efekt_01 | Potrafi scharekteryzować genom człowieka | |
Efekt_02 | Potrafi omówić projekty sekwencjonowania i resekwencjonowania genomu człowieka oraz ich wpływ na rozwój nauk biologicznych i medycznych | |
Efekt_03 | Jest w stanie scharakteryzować najbardziej popularne obecnie typy badań związanych z genomem człowieka, szczególnie w powiązaniu z chorobami | |
Efekt_04 | Umie zidentyfikować i opisać najczęściej wykorzystywane formaty danych w badaniach biomedycznych | |
Efekt_05 | Potrafi efektywnie przeszukiwać podstawowe źródła danych biologicznych: bazy danych i przeglądarki genomowe, filtrować i pobierać dane | |
Efekt_06 | Efektywnie przeszukuje wyspecjalizowane bazy danych | |
Efekt_07 | Opisuje elementy genotypowania i analiz populacyjnych | |
Efekt_08 | Potrafi przeprowadzić analizę potencjalnych funkcji genów i białek | |
Efekt_09 | Poszukuje informacji i danych z projektów sekwencjonowania aby zaprojektować i przeprowadzić własne analizy | |
Efekt_10 | Potrafi przeanalizować i zwizualizować własne dane w oparciu o istniejące narzędzia bioinformatyczne |
Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
1. |
1. Charakterystyka genomu człowieka: co już wiemy? |
Efekt_01 |
2. |
2. Projekty sekwencjonowania i resekwencjonowania genomu człowieka (Human Genome Project, 1000 Genomes Project, HapMap Project) i ich wpływ na rozwój nauk biologicznych i medycznych |
Efekt_02 |
3. |
3. Typy badań związanych z genomem człowieka: analizy ekspresji różnicowej, identyfikacja mutacji i polimorfizmów, badania asocjacyjne, poszukiwanie podłoża chorób (w szczególności nowotworowych) |
Efekt_03 |
4. |
4. Najczęściej spotykane i wykorzystywane formaty danych w badaniach biomedycznych |
Efekt_04 |
5. |
5. Źródła danych biologicznych: bazy danych i przeglądarki genomowe (NCBI, Ensembl, UCSC): przeglądanie, pobieranie i filtrowanie danych |
Efekt_05 |
6. |
6. Wyspecjalizowane bazy danych, m.in. OMIM, dbSNP, dbGAP, TCGA,ICGC, Cosmic, GWAS Central, przeglądarki związane z 1000 Genomes Project oraz HapMap Project |
Efekt_06 |
7. |
7. Elementy genotypowania i analiz populacyjnych |
Efekt_07 |
8. |
8. Poszukiwanie potencjalnych funkcji genów i białek: ontologie genów (Gene Ontology), elementy regulatorowe, ścieżki metaboliczne, oddziaływania |
Efekt_08 |
9. |
9. Poszukiwanie informacji i danych z projektów sekwencjonowania w celu zaprojektowania i przeprowadzenia własnych analiz (ENA, SRA, GEO, GENCODE) |
Efekt_09 |
10. |
10. Obróbka i wizualizacja własnych danych (m.in. Galaxy, IGV, UCSC Genome Browser, Ensembl Genomes) |
Efekt_10 |
Metody i formy prowadzenia zajęć | |
---|---|
Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień | |
Wykład konwersatoryjny | |
Wykład problemowy | |
Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych) | |
Metoda ćwiczeniowa | |
Metoda projektu |
Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | EK_6 | EK_7 | EK_8 | EK_9 | EK_10 | ||
Kolokwium pisemne | x | x | x | x | x | x | x | x | x | x | |
Test | x | x | x | x | x | x | x | x | x | x | |
Raport | x | x | x | x | x | x | x | x | x | x |
Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
---|---|
bardzo dobry (bdb; 5,0): | znakomita wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dobry plus (+db; 4,5): | bardzo dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dobry (db; 4,0): | dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
dostateczny plus (+dst; 3,5): | wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne ale ze znacznymi niedociągnięciami |
dostateczny (dst; 3,0): | wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne z licznymi błędami |
niedostateczny (ndst; 2,0): | niezadowalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne |
Wydawnictwa książkowe
Artykuły w czasopismach
Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
---|---|---|
Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | 30 | |
Praca własna studenta: | ||
Przygotowanie do zajęć | 10 | |
Czytanie wskazanej literatury | 10 | |
Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | 20 | |
Przygotowanie projektu | ||
Przygotowanie pracy semestralnej | ||
Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | 20 | |
SUMA GODZIN | 90 | |
LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | 3 |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut